Hans-Jörg Kapp studierte visuelle Kommunikation und Musiktheaterregie in Hamburg.
Zu seinen Filmen gehören u. a. der Trickfilm Hojotoho (35mm, 3.30 min, 1993) , den er mit Klaus Weller realisierte, die Fake-Doku Der Schwarzfilm (16mm, 5.30 min, 1995), sowie der Kurzspielfilm Der Killer (35mm, 14 min), der 2001 am Festival First Steps teilnahm.

Mit seinem experimentellen Musiktheaterprojekt opera silens erarbeitete er seit 1996 zahlreiche Inszenierungen in Hamburg so unter anderem die Erik-Satie-Produktion Amnesie International 1999 in der opera stabile der Hamburgischen Staatsoper oder das Monteverdi-Projekt acqua acqua acqua acqua 2001 auf Kampnagel.

Darüber hinaus inszenierte zahlreiche Uraufführungen von Werken zeitgenössischer Komponisten so u.a. von Jochen Neurath, Johannes Harneit, Kay-Ivo Nowack, Vadim Karassikov, Jörg Widmann, Paolo Perezzani oder Lucia Ronchetti u.a. bei der Musiktheaterbienale München oder beim Stuttgarter Festival Eclat.

Hans-Jörg Kapp ist seit 2001 Mitglied im Hamburger Filmemacher-Netzwerk Abbildungszentrum.
Seit 2003 unterrichtet er Dramaturgie und Gestaltung im Fachbereich Medientechnik der Hamburger Hochschule für angewandte Wissenschaften.